Kostel sv. Vojtěcha byl postaven v letech 1925 – 1927 jako součást nové budovy Arcibiskupského kněžského semináře a Teologické fakulty UK, podle projektu Františka Havla. Slavnostně vysvěcen byl 6. listopadu 1927. Po uzavření vysokých škol za německé okupace byl seminář vystěhován (fakulta uzavřena jako všechny ostatní vysoké školy) a v budově sídlilo ministerstvo pošt. Po nástupu komunismu byl objekt církvi opět zabaven a sloužil různým účelům, například redakci mezinárodního časopisu Otázky míru a socialismu. Na přelomu 70. a 80. let byla sakrální architektura kostela radikálně a necitlivě přestavěna, aby kostel sloužil jako přednáškový sál. S následky této rekonstrukce se potýkáme dodnes. Mnoho tehdy provedených změn se nedá napravit.
Dnešní svatý Vojtěch
Svatý Vojtěch byl spolu s celým areálem vrácen Arcibiskupství pražskému v roce 1990. Patří do dejvické farnosti sv. Matěje.
Dnešní podoba presbytáře, oltářů, ambonu, sedadla pro kněze a opony je realizována podle návrhu architekta Michaela Bořkovce a všechny tapisérie jsou dílem Evy Jelínkové.
Duchovní osoby spojené s kostelem
Duchovním správcem obnoveného sv. Vojtěcha (rektorem kostela) byl ustanoven Mons. Ing. Aleš Opatrný Th.D., který stál u zrodu svatovojtěšského společenství a sloužil zde 12 let. Z dalších kněží, kteří spojili část svého duchovního působení s naším kostelem, uvádíme alespoň P. Mgr. Michaela Špilara (působil zde jako jáhen), P. Mgr. Jana Kotase, Mons. Michaela Slavíka Th.D., generálního vikáře Pražské arcidiecéze, a Mons. Mgr. Tomáše Holuba Th.D. nynějšího biskupa plzeňského. Dalším rektorem kostela byl P. Mgr. Vladimír Málek. Od roku 2011 do 30. listopadu 2017 byl rektorem kostela a také ředitelem Pastoračního střediska P. Mgr. Michal Němeček. Od 1. prosince 2017 převzal správu kostela Arcibiskupský seminář resp. jeho rektor P. Mgr. Jan Kotas, S.L.L. a vicerektor semináře P. Mgr.Mag. Christian M. Pšenička Dipl.um.O.Praem. V roce 2023 došlo k další změně, správu kostela převzal Christian Pšenička spolu s P. Mgr. Jindřich Zdík Miroslav Jordánek O.Praem.